وتم الاتفاق على ان يتم عبر انتخابات حرة، دون ان يرشح احدا نفسه او أن يقوم احد بترشيح أحد آخر، ولذلك تمت هذه الانتخابات على مرحلتين: المرحلة الاولى يكون لكل عضو ترشيح شخصين، ثم بعد ذلك في المرحلة الثانية، يأخذ اربعة اشخاص من نالوا اكثر الاصوات اثنان من مقيمي اوروبا واثنان من خارج اوروبا، وتمت هذه الانتخابات الحرة وكان الاستاذ الدكتور القره داغي قد حصل على أكثر الاصوات ومن بعده جاء ثلاثة اسماء آخرون، ومن ثم تمت الانتخابات للمرحلة الثانية وأختير اربعة اشخاص ليتم بينهم اختيار شخصين وبعد الانتخابات تم الاتفاق بأغلبية ساحقة كادت ان تصل الى مرحلة قريب من الاجماع الى انتخاب الدكتور علي القره داغي نائبا لرئيس وكذلك الدكتور عبدالله الجديع نائباً آخر لرئيس المجلس.
وقام ادارة موقع المجلس بمقابلة الدكتور علي القره داغي الأمين العام للاتحاد العالمي لعلماء المسلمين والآن نال هذا المنصب وهو نائب رئيس المجلس الاوروبي للافتاء وسئل عن كيف تمت الانتخابات، فأجاب : “انني حقيقة لم أرشح نفسي وأردت أن يختار المجلس شخصاً غيري ولكن بما أن المجلس اتجهت ثقتهم بغالبية عظمى إلي فأني اسأل الله سبحانه وتعالى أن يعينني على أداء هذا الواجب وأن يقوي ظهري لتحمل هذه المسؤوليات وأن يوفقني للمساهمة لمزيد من تطوير هذا المجلس في كل المجالات ولاسيما أن هذه المجلس له أهميته القصوي من ناحية المرجعية للأقلية المسلمة في أوروبا وكذلك الحكومات الاوروبية التي ترجع الى هذا المجلس في بعض القضايا حينما يريدون الاخذ ببعض الأراء الشرعية.
وقد اسس المجلس في اذار مارس 1997 تلبية لدعوة من قبل اتحاد المنظمات الاسلامية في اوروبا. هذا ويسعى المجلس لايجاد التقارب بين علماء الساحة الاوروبية واصدار فتاوى جماعية تسد حاجة المسلمين في اوروبا وتحل مشاكلهم في ضوء احكام الشريعة ومقاصدها وذلك من خلال عقد الندوات والدورات الشرعية واعتمادا على المراجع الفقهية الموثوقة وبالاستفادة من الفتاوى والبحوث الصادرة من مجامع الفهية .